Хавьер Перес де Куэльяр родился 19 января 1920 года в столице Перу – городе Лима. Получил юридическое образование. С 1940 года работал в Министерстве иностранных дел Перу, а с 1944 года находился на дипломатической службе. Он был секретарем в посольстве Перу во Франции, Великобритании, Боливии, Бразилии, советником и советником-посланником в посольстве Перу в Бразилии.

В 1961 году получил ранг посла, работал директором юридического департамента, директором административного департамента, директором протокольного департамента и директором департамента по политическим вопросам. В 1966 году он стал заместителем министра иностранных дел, в 1981 году – юрисконсультом министерства иностранных дел. В качестве посла Перес де Куэльяр посетил Швейцарию, Советский Союз, Польшу и Венесуэлу.

На первой сессии Генеральной Ассамблеи ООН, состоявшейся в 1946 году, он был членом делегации Перу, а также принимал участие в работе других сессий Генеральной Ассамблеи ООН, а в 1971 году стал постоянным представителем Перу при ООН.

С 1979 года занимал должность заместителя Генерального секретаря ООН по специальным вопросам. Принимал участие в урегулировании вопросов в отношении Афганистана и Пакистана. Преподавал международное право в Дипломатической академии Перу и историю международных отношений в Военно-воздушной академии Перу, написал учебник по международным отношениям.

В 1981 году был избран Генеральным секретарем ООН, вступил в должность с 1 января 1982 года, затем был избран на второй срок – с 1 января 1987 года. Пересу де Куэльяру присвоены степени почетного доктора ведущих университетов мира, в том числе Карлова университета в Праге; Карлтонского университета в Оттаве, Канада; Парижского университета (Сорбонна); Московского государственного университета; Кембриджского университета в Соединенном Королевстве. Удостоен различных наград примерно 25 стран, в том числе награждён российской медалью Пушкина (13 октября 2009 года) — за большой вклад в популяризацию русского языка и русской культуры в Республике Перу.